La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ryu;, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba, donde 3 hermanas lo habian adoptado como hermano menor. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryu;, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia.

Rurouni Kenshin 1 online - El bello espadachín legendario... Un hombre que lucha por amor; Rurouni Kenshin 2 online - El niño samurái ¡Ladrón! ¡Luchador! Alumno; Rurouni Kenshin 3 online - El espadachín afligido, Un hombre que corta el pasado; Rurouni Kenshin 4 online - La palabra maldad. ¡Llega el luchador Sanosuke!; Rurouni Kenshin 5 online - Espada de filo invertido contra Zanbato ¡Lucha hasta el final!; Rurouni Kenshin 6 online - El visitante de las sombras. ¡Aparece Kurogasa!; Rurouni Kenshin 7 online - Combate a muerte bajo la Luna ¡Protege a aquellos a los que quieres!; Rurouni Kenshin 8 online - ¡Una nueva batalla! La bella misteriosa que apareció repentinamente; Rurouni Kenshin 9 online - El ejército Shinobi más poderoso ¡El terrible Oniwabanshu!; Rurouni Kenshin 10 online - Aoshi. Un hombre tan temible que es casi hermoso; Rurouni Kenshin 11 online - ¡El adiós de los hombres más fuertes! Choque de luz y oscuridad; Rurouni Kenshin 12 online - ¡Nace un joven espadachín! La lucha de Yahiko, el estudiante número uno; Rurouni Kenshin 13 online - ¡Tú puedes! El combate más duro de Toramaru; Rurouni Kenshin 14 online - ¡Salva una pequeña vida! El reto de Megumi, la bella médico; Rurouni Kenshin 15 online - El ejército asesino de las llamas. Corre Jinputai; Rurouni Kenshin 16 online - ¡La promesa del valor! Arde, técnica secreta Hiden no tachi; Rurouni Kenshin 17 online - ¡Vuela hacia los sueños! La aventura de Marimo, la hermana bala; Rurouni Kenshin 18 online - ¡Corre! ¡Yahiko, recupera la Sakabato!; Rurouni Kenshin 19 online - La ambición de Raijuta. La visión del reino prohibido; Rurouni Kenshin 20 online - ¡La resurrección del estilo Shiko! La espada asesina definitiva que llama a la tormenta; Rurouni Kenshin 21 online - ¡El desvanecimiento de la pesadilla! La ambición de Raijuta. Conclusión; Rurouni Kenshin 22 online - ¡La primera vez! Un loco viaje en el tren de vapor; Rurouni Kenshin 23 online - ¡¿La traición de Sanosuke?! Reunión del destino; Rurouni Kenshin 24 online - ¡Combate a media noche! Sanosuke contra Kenshin otra vez; Rurouni Kenshin 25 online - El pirata escarlata. Kenshin y Kaoru son heridos; Rurouni Kenshin 26 online - ¡La encarnación de la tormenta! La nobleza de Shura, la misteriosa pirata; Rurouni Kenshin 27 online - ¡Arde la isla del terror! Los piratas escarlata. Conclusión; Rurouni Kenshin 28 online - Prólogo de una nueva batalla sangrienta ¡Se acerca la sombra del lobo!; Rurouni Kenshin 29 online - ¡El antiguo enemigo más fuerte en la historia! El colmillo despiadado ataca; Rurouni Kenshin 30 online - El diablo de venganza. La estrategia de Makoto Shishio; Rurouni Kenshin 31 online - Sentimientos sin cumplir... El inicio del viaje de Kenshin; Rurouni Kenshin 32 online - ¡Regreso con lágrimas de valor! El camino elegido de Kaoru Kamiya; Rurouni Kenshin 33 online - ¡Hasta conseguir el maximo título! La nueva pelea de Aoshi; Rurouni Kenshin 34 online - La joven seguidora, la verdad oculta de Misao Makimachi; Rurouni Kenshin 35 online - La aldea robada ¡El ataque de la mano del mal de Shishio!; Rurouni Kenshin 36 online - ¡El paso del tiempo del Bakumatsu! El enfrentamiento de Shishio y Kenshin; Rurouni Kenshin 37 online - ¡Choque! La Sakabato quebrada, Sojiro de la espada divina contra Kenshin; Rurouni Kenshin 38 online - ¡Sanosuke, entrenamiento en Gokui! El monje pecador, el desafío a Anji; Rurouni Kenshin 39 online - El hombre que hizo la Sakabato, la última aparición de Shakku Arai; Rurouni Kenshin 40 online - ¡Un asesino terriblemente cruel! Lucha a muerte con Cho del Juppongatana; Rurouni Kenshin 41 online - ¡El secreto del estilo Hiten Mitsurugi! El encuentro con el maestro Seijuro Hiko; Rurouni Kenshin 42 online - Se forma una alianza ¡El día que Aoshi y Shishio se dieron la mano!; Rurouni Kenshin 43 online - ¡Espacio entre la vida y la muerte! La comprensión del secreto del Amakakeru Ryu no Hirameki; Rurouni Kenshin 44 online - Olas de batalla decisiva ¡El Juppongatana, el grupo más poderoso se junta!; Rurouni Kenshin 45 online - ¡Como volando! Prevengan la partida del buque de guerra Rengoku; Rurouni Kenshin 46 online - ¡El Rengoku en llamas! El destino de Makoto Shishio; Rurouni Kenshin 47 online - ¡Encuentro! Futae no Kiwami, el puño rugiente de Sanosuke; Rurouni Kenshin 48 online - Renacer hacia la salvación, la nueva partida de Anji; Rurouni Kenshin 49 online - El lobo que atrapo los ojos del corazón ¡La forma cero del Gatotsu explota!; Rurouni Kenshin 50 online - La hora de cumplir la promesa ¡El reencuentra de Kenshin y Aoshi!; Rurouni Kenshin 51 online - Ahora es el momento de despertar ¡Concluye lleno de heridas!; Rurouni Kenshin 52 online - ¡Lama a un milagro! 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